水冷式冷水機冷凝器的清洗的工作流程同樣有四步：
1、清洗溫度：一般采用常溫清洗，如果結垢較厚可以在35℃~50℃清洗以提高清洗速度。
2、將進出機組的閥門關上，利用壓力表或溫度計管、防腐泵、酸液箱連成清洗循環系統。清洗時先加入緩蝕劑，緩蝕劑循環均勻后緩慢加入有機酸，清洗中應定時檢測反應情況，清洗劑不足時需補足，以保證有足夠的酸液和水垢反應，清洗中按水垢反應情況，可加入適量泥垢剝離劑、消泡劑等。
3、清洗結束后，要將余液排出，并加入清水沖洗，沖水速度要適當。
4、冷水機冷凝器清洗后還需要加入中和鈍化劑，中和殘酸，以防止金屬內壁氧化。